Infection Inflammation et Interaction Hôtes Pathogènes - 3IHP

L’activité de recherche clinique en microbiologie fédérée au sein de l’axe 3 IHP s’articule autour de 8 services hospitaliers du CHU de Clermont-Ferrand, incluant 5 services cliniques : Maladies Infectieuses, Pédiatrie, Médecine Intensive et Réanimation, Gastroentérologie, Chirurgie digestive ; et 3 services du Laboratoire de biologie médicale représentant les disciplines microbiologiques : Bactériologie-Parasitologie-Mycologie, Virologie, Hygiène Hospitalière.

Pour la plupart, les membres de 3 IHP font partie intégrante d’équipes de recherche labélisées dans le domaine de la microbiologie, permettant de mettre en œuvre des études de recherche clinique en lien direct avec leurs thèmes de recherche fondamentale. Ainsi, les membres de 5 services hospitaliers font partie du LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - UMR 6023 CNRS-UCA, au sein de 3 équipes qui développent des thématiques de recherche en lien avec des problématiques infectieuses humaines. L'équipe CMES travaille sur la formation des biofilms, et l’un de ses objectifs est de mettre au point des moyens permettant de limiter ou neutraliser la formation des biofilms sur des dispositifs médicaux (Pr SOUWEINE, Réanimation et Médecine intensive ; Pr LESENS, Maladies Infectieuses). En parallèle est analysé le rôle des biofilms dans la persistance et diffusion de mécanismes de résistance aux antibiotiques au sein des communautés microbiennes complexes (eaux usées hospitalières) (Pr TRAORE, DR AUMERAN, Hygiène hospitalière).  L’équipe EPIE interagit très étroitement avec l’activité du CNR entérovirus par l’une de ses thématiques portant sur des travaux d’épidémiologie moléculaire pour caractériser les souches d’entérovirus associées à des tableaux cliniques sévères, étudier les facteurs d’émergence de ces souches et leur diffusion spatio-temporelle (Pr HENQUELL, Dr MIRAND, Virologie). L'équipe IHP étudie la pathogénie du protozoaire Blastocystis sp. impliqué dans des troubles fonctionnels du tube digestif, et met en place de nouveaux marqueurs épidémiologiques et diagnostiques (Dr POIRIER, Dr NOURRISSON, Parasitologie-Mycologie). Les services de Bactériologie (Pr BONNET, Dr ROBIN, Dr DELMAS, Bactériologie), d’Hépatogastro-Entérologie (Dr BUISSON) et de Chirurgie Digestive (Pr PEZET, Dr GAGNIERE) travaillent dans l’unité M2ISH - Microbes Intestin Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte - UMR 1071 INSERM-INRA UCA. Leurs principaux objectifs sont la recherche de nouveaux biomarqueurs et de nouvelles cibles thérapeutiques dans le cadre de deux maladies chroniques intestinales : la maladie de Crohn (MC) et le cancer colorectal (CCR). Pour atteindre ces objectifs, la cible privilégiée est le microbiote intestinal et plus spécifiquement la piste infectieuse à E. coli adhérentes-invasives (AIEC) pour la MC et à E. coli productrices d’une génotoxine (colibactine) pour le CCR.